在进行论文查重时，通常会包括正文内容和参考文献，而注释内容是否被查重则因查重工具的不同而异。有些查重工具会将注释内容算入相似度比对范围，因此注释内容的原创度也需引起重视。为避免注释内容被误判为抄袭，建议在使用查重工具前，将注释内容进行标注或排除，以确保查重结果的准确性。

另外，对于包括注释内容的论文查重，作者也可以在论文中添加说明，明确注释的来源和目的，以避免被误判为抄袭。此外，建议在写作过程中，注释内容也要力求原创，避免直接复制粘贴他人的注释，从根源上降低查重风险。综上所述，注释内容在论文查重中的处理至关重要，作者应当认真对待，以确保学术诚信和论文质量。